참조표준조회

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조직적합성 판별 영역별 변이체의 상동성 기반 유전적 거리

HLA-DR type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리

HLA-DR type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리

참조표준명 HLA-DR type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리
참조표준 번호 KSRD.05.2011.002.001.007
DOI 10.20925/KSRD.05.2011.002.001.007
참조표준 등급 유효 참조표준
측정량 개인간 조직적합성 판별을 결정하는 HLA 유전자 영역의 개인간 유전적 거리 값 및 대립유전자의 상동성
변이체 측정방법 생어방식의 DNA 해독 기술
변이체 측정대상 HLA-SBT 방법에 사용되고 있는 6번 염색체의 HLA-A, B, C, DR, DP, DQ 영역의 일부 엑손부의 서열 및 변이체 측정
측정결과 요인제어 장비검정 (년 2회)
기기실 온도 유지 (섭씨 20-25도, 습도 20~50 %)
변이체는 phred Qscore 15이상을 만족하는 데이터 사용으로 데이터 품질 유지
SNP Chip 비사용
SNP Chip Read 장비 비사용
측정불확도 신뢰수준 약 95%, k=2
측정값해설 유전적거리값은 0에 가까울수록 거의 같고, 상동성거리값은 100에 가까울수록 거의 같음

HLA-DR type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리 참조표준

HLA type 상동성 거리값 확장불확도 데이터건수
DRB1*04:07 88.9549 0.5355 457
DRB1*04:04 88.906 0.8756 174
DRB1*16:02 88.8501 0.5378 284
DRB1*04:05 88.6387 0.2064 3002
DRB1*04:06 88.388 0.335 1256
DRB1*14:06 88.3541 0.3725 441
DRB1*15:02 88.3122 0.2699 1814
DRB1*13:02 88.2862 0.2142 2843
DRB1*04:03 88.2067 0.3451 1206
DRB1*15:01 88.1919 0.2082 3215
DRB1*13:01 88.1901 0.3757 949
DRB1*04:01 88.1855 0.7388 241
DRB1*11:01 88.185 0.3435 725
DRB1*14:03 88.1095 0.4271 363
DRB1*08:03 88.0341 0.191 2904
DRB1*04:10 88.0109 1.2238 94
DRB1*08:02 87.8896 0.5172 310
DRB1*14:05 87.0533 0.5168 281
DRB1*11:06 86.9175 0.8124 143
DRB1*14:54 86.3927 0.3571 490
DRB1*01:01 86.0955 0.2553 1121
DRB1*03:01 84.3932 0.5069 344
DRB1*10:01 83.2282 0.3778 316
DRB1*09:01 83.0905 0.2504 1881
DRB1*12:01 82.9016 0.3891 855
DRB1*12:10 82.8483 0.7349 233
DRB1*12:02 82.6993 0.4379 712
DRB1*07:01 82.0647 0.2194 1787