참조표준조회

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조직적합성 판별 영역별 변이체의 상동성 기반 유전적 거리

HLA-DQ type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리

HLA-DQ type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리

참조표준명 HLA-DQ type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리
참조표준 번호 KSRD.05.2011.002.001.006
DOI 10.20925/KSRD.05.2011.002.001.006
참조표준 등급 유효 참조표준
측정량 개인간 조직적합성 판별을 결정하는 HLA 유전자 영역의 개인간 유전적 거리 값 및 대립유전자의 상동성
변이체 측정방법 생어방식의 DNA 해독 기술
변이체 측정대상 HLA-SBT 방법에 사용되고 있는 6번 염색체의 HLA-A, B, C, DR, DP, DQ 영역의 일부 엑손부의 서열 및 변이체 측정
측정결과 요인제어 장비검정 (년 2회)
기기실 온도 유지 (섭씨 20-25도, 습도 20~50 %)
변이체는 phred Qscore 15이상을 만족하는 데이터 사용으로 데이터 품질 유지
SNP Chip 비사용
SNP Chip Read 장비 비사용
측정불확도 신뢰수준 약 95%, k=2
측정값해설 유전적거리값은 0에 가까울수록 거의 같고, 상동성거리값은 100에 가까울수록 거의 같음

HLA-DQ type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리 참조표준

HLA type 상동성 거리값 확장불확도 데이터건수
DQB1*03:03 93.2792 0.1612 2793
DQB1*03:02 93.0607 0.1315 4239
DQB1*06:02 93.0577 0.1483 2478
DQB1*06:03 92.9735 0.2818 684
DQB1*06:09 92.6342 0.2326 982
DQB1*03:01 92.4714 0.1315 4702
DQB1*06:04 92.4321 0.1719 1944
DQB1*06:01 91.4886 0.133 3505
DQB1*04:02 91.0007 0.4116 338
DQB1*05:03 90.8489 0.4047 468
DQB1*05:01 90.647 0.2422 1432
DQB1*04:01 90.4692 0.1568 2549
DQB1*05:02 89.8856 0.3327 730
DQB1*02:01 88.7372 0.3023 475
DQB1*02:02 88.2098 0.2024 1122