참조표준조회

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조직적합성 판별 영역별 변이체의 상동성 기반 유전적 거리

HLA-DP type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리

HLA-DP type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리

참조표준명 HLA-DP type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리
참조표준 번호 KSRD.05.2011.002.001.005
DOI 10.20925/KSRD.05.2011.002.001.005
참조표준 등급 유효 참조표준
측정량 개인간 조직적합성 판별을 결정하는 HLA 유전자 영역의 개인간 유전적 거리 값 및 대립유전자의 상동성
변이체 측정방법 생어방식의 DNA 해독 기술
변이체 측정대상 HLA-SBT 방법에 사용되고 있는 6번 염색체의 HLA-A, B, C, DR, DP, DQ 영역의 일부 엑손부의 서열 및 변이체 측정
측정결과 요인제어 장비검정 (년 2회)
기기실 온도 유지 (섭씨 20-25도, 습도 20~50 %)
변이체는 phred Qscore 15이상을 만족하는 데이터 사용으로 데이터 품질 유지
SNP Chip 비사용
SNP Chip Read 장비 비사용
측정불확도 신뢰수준 약 95%, k=2
측정값해설 유전적거리값은 0에 가까울수록 거의 같고, 상동성거리값은 100에 가까울수록 거의 같음

HLA-DP type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리 참조표준

HLA type 상동성 거리값 확장불확도 데이터건수
DPB1*02:01 96.7511 0.0857 7204
DPB1*02:02 96.5949 0.166 1700
DPB1*04:01 96.3424 0.141 2797
DPB1*04:02 96.3292 0.2289 1223
DPB1*05:01 96.1846 0.0857 6753
DPB1*09:01 94.7285 0.17 1039
DPB1*14:01 94.4307 0.2415 564
DPB1*13:01 94.3995 0.1497 1399
DPB1*03:01 94.3442 0.2144 742
DPB1*22:01 92.7868 0.9844 44
DPB1*38:01 92.4695 0.7636 131
DPB1*17:01 79.6536 0.4115 275