참조표준조회

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조직적합성 판별 영역별 변이체의 상동성 기반 유전적 거리

HLA-C type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리

HLA-C type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리

참조표준명 HLA-C type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리
참조표준 번호 KSRD.05.2011.002.001.004
DOI 10.20925/KSRD.05.2011.002.001.004
참조표준 등급 유효 참조표준
측정량 개인간 조직적합성 판별을 결정하는 HLA 유전자 영역의 개인간 유전적 거리 값 및 대립유전자의 상동성
변이체 측정방법 생어방식의 DNA 해독 기술
변이체 측정대상 HLA-SBT 방법에 사용되고 있는 6번 염색체의 HLA-A, B, C, DR, DP, DQ 영역의 일부 엑손부의 서열 및 변이체 측정
측정결과 요인제어 장비검정 (년 2회)
기기실 온도 유지 (섭씨 20-25도, 습도 20~50 %)
변이체는 phred Qscore 15이상을 만족하는 데이터 사용으로 데이터 품질 유지
SNP Chip 비사용
SNP Chip Read 장비 비사용
측정불확도 신뢰수준 약 95%, k=2
측정값해설 유전적거리값은 0에 가까울수록 거의 같고, 상동성거리값은 100에 가까울수록 거의 같음

HLA-C type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리 참조표준

HLA type 상동성 거리값 확장불확도 데이터건수
C*12:02 96.5611 0.0605 1310
C*14:02 96.51 0.0859 1475
C*12:03 96.4871 0.165 212
C*14:03 96.3938 0.0664 2585
C*03:02 96.32 0.1118 1639
C*03:03 96.0889 0.0867 3424
C*03:04 96.0791 0.116 1949
C*01:02 96.0555 0.0714 4375
C*16:01 96.0481 0.2476 58
C*08:22 95.7246 0.2056 218
C*01:03 95.6995 0.312 208
C*08:01 95.6855 0.0646 2043
C*08:02 95.6408 0.2799 99
C*06:02 95.5096 0.0726 1198
C*08:03 95.3438 0.1827 268
C*15:02 95.2342 0.3248 109
C*15:05 95.2234 0.172 360
C*02:02 95.179 0.3194 60
C*05:01 95.1123 0.1105 833
C*04:01 94.7619 0.0711 2403
C*07:02 93.8137 0.0914 2286
C*07:06 93.5234 0.1951 421
C*07:04 93.1331 0.1839 433