참조표준조회

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조직적합성 판별 영역별 변이체의 상동성 기반 유전적 거리

HLA-B type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리

HLA-B type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리

참조표준명 HLA-B type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리
참조표준 번호 KSRD.05.2011.002.001.003
DOI 10.20925/KSRD.05.2011.002.001.003
참조표준 등급 유효 참조표준
측정량 개인간 조직적합성 판별을 결정하는 HLA 유전자 영역의 개인간 유전적 거리 값 및 대립유전자의 상동성
변이체 측정방법 생어방식의 DNA 해독 기술
변이체 측정대상 HLA-SBT 방법에 사용되고 있는 6번 염색체의 HLA-A, B, C, DR, DP, DQ 영역의 일부 엑손부의 서열 및 변이체 측정
측정결과 요인제어 장비검정 (년 2회)
기기실 온도 유지 (섭씨 20-25도, 습도 20~50 %)
변이체는 phred Qscore 15이상을 만족하는 데이터 사용으로 데이터 품질 유지
SNP Chip 비사용
SNP Chip Read 장비 비사용
측정불확도 신뢰수준 약 95%, k=2
측정값해설 유전적거리값은 0에 가까울수록 거의 같고, 상동성거리값은 100에 가까울수록 거의 같음

HLA-B type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리 참조표준

HLA type 상동성 거리값 확장불확도 데이터건수
B*15:01 95.1432 0.0416 3571
B*15:07 95.0244 0.1342 334
B*15:11 94.7269 0.0989 642
B*15:02 94.6552 0.1384 215
B*35:01 94.5259 0.0572 916
B*35:03 94.4578 0.1004 278
B*52:01 94.3731 0.0833 804
B*15:18 94.3034 0.0741 741
B*08:01 94.28 0.3551 8
B*59:01 94.2095 0.1036 347
B*56:01 94.1126 0.3934 19
B*51:01 94.0287 0.0644 1353
B*40:06 93.8276 0.0769 700
B*40:02 93.8059 0.0584 1366
B*40:03 93.7962 0.0861 513
B*13:02 93.7907 0.0787 616
B*39:01 93.7893 0.0714 692
B*13:01 93.6685 0.0809 606
B*55:01 93.6606 0.1493 203
B*38:02 93.6302 0.0637 557
B*46:01 93.5337 0.0677 1644
B*44:03 93.4688 0.0504 2929
B*55:02 93.432 0.4428 5
B*54:01 93.4143 0.0465 2155
B*14:01 93.3666 0.1224 230
B*67:01 93.2933 0.1227 279
B*44:02 93.2654 0.0977 797
B*37:01 93.0356 0.0904 239
B*40:01 92.958 0.1095 410
B*57:01 92.8153 0.1234 302
B*58:01 92.711 0.0528 2328
B*48:01 92.5168 0.0819 823
B*27:05 92.2708 0.0463 1020
B*07:02 92.2081 0.1112 515
B*07:05 92.1799 0.11 538
B*27:04 92.1485 0.1014 225