참조표준조회

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조직적합성 판별 영역별 변이체의 상동성 기반 유전적 거리

HLA-A type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리

HLA-A type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리

참조표준명 HLA-A type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리
참조표준 번호 KSRD.05.2011.002.001.002
DOI 10.20925/KSRD.05.2011.002.001.002
참조표준 등급 유효 참조표준
측정량 개인간 조직적합성 판별을 결정하는 HLA 유전자 영역의 개인간 유전적 거리 값 및 대립유전자의 상동성
변이체 측정방법 생어방식의 DNA 해독 기술
변이체 측정대상 HLA-SBT 방법에 사용되고 있는 6번 염색체의 HLA-A, B, C, DR, DP, DQ 영역의 일부 엑손부의 서열 및 변이체 측정
측정결과 요인제어 장비검정 (년 2회)
기기실 온도 유지 (섭씨 20-25도, 습도 20~50 %)
변이체는 phred Qscore 15이상을 만족하는 데이터 사용으로 데이터 품질 유지
SNP Chip 비사용
SNP Chip Read 장비 비사용
측정불확도 신뢰수준 약 95%, k=2
측정값해설 유전적거리값은 0에 가까울수록 거의 같고, 상동성거리값은 100에 가까울수록 거의 같음

HLA-A type의 sub-allele간의 상동성 기반 유전적 거리 참조표준

HLA type 상동성 거리값 확장불확도 데이터건수
A*02:06 94.5053 0.1379 2941
A*02:01 94.4783 0.1252 3743
A*02:10 94.3272 0.3537 349
A*02:07 94.2382 0.1719 1990
A*03:02 93.9963 0.4328 88
A*33:03 93.8209 0.1033 3840
A*31:01 93.7474 0.1982 910
A*03:01 93.7342 0.1398 923
A*02:03 93.7171 0.4489 260
A*68:01 93.5823 0.3497 156
A*11:01 93.3756 0.1055 3188
A*30:01 92.9929 0.4141 133
A*11:53 92.97 0.4188 201
A*30:04 92.934 0.1773 296
A*29:01 92.8697 0.2683 340
A*26:03 92.6681 0.437 175
A*26:01 92.4609 0.2024 771
A*26:02 92.345 0.1595 1151
A*24:02 92.2195 0.0994 5967
A*32:01 92.1119 0.2201 179
A*01:01 91.2495 0.1754 840