조직적합성 판별 영역별 변이체의 상동성 기반 유전적 거리
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HLA 대립형질별의 상동성 기반 유전적 거리
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HLA 대립형질별의 상동성 기반 유전적 거리
| 참조표준명 |
HLA 대립형질별의 상동성 기반 유전적 거리 |
| 참조표준 번호 |
KSRD.05.2011.002.001.001 |
| DOI |
10.20925/KSRD.05.2011.002.001.001 |
| 참조표준 등급 |
유효 참조표준 |
| 측정량 |
개인간 조직적합성 판별을 결정하는 HLA 유전자 영역의 개인간 유전적 거리 값 및 대립유전자의 상동성 |
| 변이체 측정방법 |
생어방식의 DNA 해독 기술 |
| 변이체 측정대상 |
HLA-SBT 방법에 사용되고 있는 6번 염색체의 HLA-A, B, C, DR, DP, DQ 영역의 일부 엑손부의 서열 및 변이체 측정 |
| 측정결과 요인제어 |
장비검정 (년 2회)
기기실 온도 유지 (섭씨 20-25도, 습도 20~50 %)
변이체는 phred Qscore 15이상을 만족하는 데이터 사용으로 데이터 품질 유지 |
| SNP Chip |
비사용 |
| SNP Chip Read 장비 |
비사용 |
| 측정불확도 |
신뢰수준 약 95%, k=2 |
| 측정값해설 |
유전적거리값은 0에 가까울수록 거의 같고, 상동성거리값은 100에 가까울수록 거의 같음 |
HLA 대립형질별의 상동성 기반 유전적 거리 참조표준
| HLA type |
관계 |
상동성 거리값 |
확장불확도 |
데이터건수 |
| HLA-A |
가족 |
93.5014 |
0.4233 |
253 |
| HLA-B |
가족 |
94.031 |
0.3613 |
276 |
| HLA-C |
가족 |
96.5588 |
0.2482 |
276 |
| HLA-DP |
가족 |
97.171 |
0.2978 |
231 |
| HLA-DQ |
가족 |
96.08 |
0.5352 |
231 |
| HLA-DR |
가족 |
85.1492 |
0.823 |
276 |
| HLA-A |
무촌 |
93.3999 |
0.0418 |
28441 |
| HLA-B |
무촌 |
93.6959 |
0.0289 |
28920 |
| HLA-C |
무촌 |
95.6733 |
0.0263 |
27966 |
| HLA-DP |
무촌 |
95.927 |
0.0518 |
23871 |
| HLA-DQ |
무촌 |
91.9712 |
0.0511 |
28441 |
| HLA-DR |
무촌 |
86.9747 |
0.0695 |
28441 |
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