참조표준조회

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조직적합성 판별 영역별 변이체의 상동성 기반 유전적 거리

HLA 대립형질별의 상동성 기반 유전적 거리

HLA 대립형질별의 상동성 기반 유전적 거리

참조표준명 HLA 대립형질별의 상동성 기반 유전적 거리
참조표준 번호 KSRD.05.2011.002.001.001
DOI 10.20925/KSRD.05.2011.002.001.001
참조표준 등급 유효 참조표준
측정량 개인간 조직적합성 판별을 결정하는 HLA 유전자 영역의 개인간 유전적 거리 값 및 대립유전자의 상동성
변이체 측정방법 생어방식의 DNA 해독 기술
변이체 측정대상 HLA-SBT 방법에 사용되고 있는 6번 염색체의 HLA-A, B, C, DR, DP, DQ 영역의 일부 엑손부의 서열 및 변이체 측정
측정결과 요인제어 장비검정 (년 2회)
기기실 온도 유지 (섭씨 20-25도, 습도 20~50 %)
변이체는 phred Qscore 15이상을 만족하는 데이터 사용으로 데이터 품질 유지
SNP Chip 비사용
SNP Chip Read 장비 비사용
측정불확도 신뢰수준 약 95%, k=2
측정값해설 유전적거리값은 0에 가까울수록 거의 같고, 상동성거리값은 100에 가까울수록 거의 같음

HLA 대립형질별의 상동성 기반 유전적 거리 참조표준

HLA type 관계 상동성 거리값 확장불확도 데이터건수
HLA-A 가족 93.5014 0.4233 253
HLA-B 가족 94.031 0.3613 276
HLA-C 가족 96.5588 0.2482 276
HLA-DP 가족 97.171 0.2978 231
HLA-DQ 가족 96.08 0.5352 231
HLA-DR 가족 85.1492 0.823 276
HLA-A 무촌 93.3999 0.0418 28441
HLA-B 무촌 93.6959 0.0289 28920
HLA-C 무촌 95.6733 0.0263 27966
HLA-DP 무촌 95.927 0.0518 23871
HLA-DQ 무촌 91.9712 0.0511 28441
HLA-DR 무촌 86.9747 0.0695 28441