참조표준조회

contact이미지
TEL. 042-868-5353
FAX. 042-868-5066
Mail. choijongoh@kriss.re.kr

SNP Genotyping에 의한 1촌 ~6촌 Genetic Distance 유전체 생명정보

Affymetrix - ASD - CDS

Affymetrix - ASD - CDS

참조표준명 Affymetrix - ASD - CDS
참조표준 번호 KSRD.05.2009.001.002.001
DOI 10.20925/KSRD.05.2009.001.002.001
참조표준 등급 유효 참조표준
개념 Allele shared distance를 구하기 위해 사용되는 SNP Marker는 QC를 통과한 것들을 사용하며, 각 SNP의 Minor Allele Frequency 값은 0.05이상이여야 한다.
ASDi = 1 - Pi
Pi = ΣuS / 2u
S = The number of shared alleles (전체 SNP 위치에서 두 사람간의 공통되는 Allele의 수)
u = The number of loci (비교대상이 되는 전체 SNP 위치의 수)
플렛폼 Affymetrix GenomeWideSNP_6
유전적 거리 측정 방법 Allele shared distance (ASD)
유전적 거리 측정 영역 CDS(Conding sequence): 유전자중 mRNA서열중 단백질로 번역되는 영역에 존재하는 SNP들로부터 측정된 각 촌수간 유전적 거리값.
촌수 1-6촌
데이터 내용 1-6촌 및 비혈연 관계 집단으로부터 각 유전적 거리 측정 영역에 해당하는 SNP마커정보를 이용하여, 각 촌수들간의 유전적 거리를 측정한 값임. 이 유전적거리 측정값을 이용하여 친자 및 친족 구별에 사용할 수 있음.

Affymetrix - ASD - CDS 세부정보

측정방법 Allele shared distance 방법
개념도 srd
유전적 거리값의 불확도계산 srd
측정에 사용된 마커수 CDS 영역에 포함된 8,611 SNP makers
거리 그래프 srd
촌수관계도 srd
데이터 생산 방법 혈액채취 -> DNA 추출 -> SNP 칩 실험 -> SNP genotyping data 획득 -> 각 개인 SNP 데이터로부터, 촌수에 따른 ASD, FIC를 계산 -> 불확도 계산 -> ASD, FIC 데이터 생산.
변경사항 개정 (1-4촌, 비혈연) 및 제정 (5-6촌)
변경사유 5,6촌 가계 추가로 인한 1-4촌 데이터 개정 및 5-6촌 데이터 제정

Affymetrix - ASD - CDS 참조표준

촌수 유전적거리측정값 확장불확도 비고
1촌 0.1072 ±0.0009 개정
2촌 0.0974 ±0.0025 개정
3촌 0.141 ±0.0014 개정
4촌 0.1577 ±0.0010 개정
5촌 0.1657 ±0.0010
6촌 0.1704 ±0.0017
비혈연 0.1746 ±0.0003 개정